Конкурсная процедура премии «Инновация» осуществляется в два этапа: сначала экспертный совет формирует шорт-листы на основании поданных заявок, затем жюри выбирает проекты-победители в каждой номинации.

В работе экспертного совета «Инновации-2020» приняли участие ведущие российские специалисты в области современного искусства, некоторые из них являются авторами проектов-победителей прошлого года. Жюри «Инновации-2020» состоит преимущественно из зарубежных специалистов — такое решение призвано сделать выбор победителей более независимым, выведя его за пределы внутрироссийских конъюнктур, и включить номинантов и лауреатов премии в мировой художественный контекст.